Silia dan flagela berbagi beberapa karakteristik umum seperti mereka muncul dari struktur granular kecil yang disebut badan basal. Keduanya adalah hasil dari membran plasma sel. Silia dan flagela terdiri dari filamen sentral yang disebut aksonema.
Tabel Perbedaan Antara silia dan Flagela
| Perbedaan | Silia | Flagela |
| Pengertian | Struktur mikroskopis, ramping, seperti rambut pendek terdapat secara keseluruhan pada permukaan sel, dan dengan demikian mendukung penggerak sel disebut silia. | Struktur seperti benang yang tidak bercabang, panjang, kompleks, berfilamen, memanjang melalui permukaan sel disebut flagela. |
| Ditemukan di | Sel eukariotik | Sel prokariotik serta sel eukariotik. |
| Jumlah | Ada Banyak (ratusan) per sel. | sedikit (kurang dari 10) tiap sel. |
| Panjang | Pendek | Memanjang |
| Jenis gerak | Silia menunjukkan gerakan rotasi seperti motor; mereka bergerak sangat cepat. | Flagela menunjukkan gerakan lambat, seperti gelombang, sinusoidal, dan bergelombang. |
| Tebasan | Terkoordinasi | Independen |
| Neksim (protein) | Ada | Tidak ada |
| Peran | Mereka memainkan peran utama mereka dalam penggerak, aerasi (respirasi), dll. | Mereka sangat membantu dalam penggerak saja. |
| Terjadi pada | Ini terjadi di seluruh permukaan sel. | Ini hadir di kedua ujung atau kadang-kadang di seluruh permukaan. |