Apa yang dimaksud dengan hibridisasi dalam analisis microarray?

Apa yang dimaksud dengan hibridisasi dalam analisis microarray?

Microarray adalah alat laboratorium yang digunakan untuk mendeteksi ekspresi ribuan gen secara bersamaan. Kedua sampel kemudian dicampur bersama dan dibiarkan menempel pada slide microarray. Proses di mana molekul cDNA mengikat probe DNA pada slide disebut hibridisasi.

Produk ekspresi gen apa yang diukur menggunakan microarray DNA?

Array ekspresi gen (atau DNA microarray) adalah proses miniatur, paralel masif, dan semi-otomatis yang mengukur tingkat produk gen (atau mRNA atau transkrip). DNA suatu organisme (sel atau sel) adalah seperangkat instruksi yang digunakan untuk mengarahkan keberadaannya.

Bagaimana para ilmuwan mempelajari ekspresi gen?

Sebagian besar teknik ini, termasuk analisis microarray dan reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR), bekerja dengan mengukur level mRNA. Namun, peneliti juga dapat menganalisis ekspresi gen dengan mengukur kadar protein secara langsung dengan teknik yang dikenal sebagai Western blot.

Terbuat dari apakah microarray DNA?

DNA microarrays terdiri dari rangkaian ribuan bintik mikroskopis oligonukleotida DNA, masing-masing berisi urutan DNA spesifik, yang disebut ‘probe’ atau ‘reporter’.

Bagaimana microarray DNA dibuat?

Array oligonukleotida diproduksi dengan mencetak urutan oligonukleotida pendek yang dirancang untuk mewakili satu gen atau keluarga varian sambatan gen dengan mensintesis urutan ini langsung ke permukaan array alih-alih menyimpan urutan utuh.

Bagaimana microarray DNA dibuat?

Array yang disintesis di tempat adalah mikroarray DNA probe oligonukleotida kepadatan tinggi, dengan array Affymetrix GeneChip menjadi yang paling umum. Ini dibuat menggunakan fotolitografi, yang secara harfiah berarti menggunakan cahaya untuk membuat pola. Proses ini digunakan untuk mensintesis ratusan ribu oligonukleotida yang berbeda.

Apakah microarray masih digunakan?

Saat ini, microarray DNA digunakan dalam tes diagnostik klinis untuk beberapa penyakit. Kadang-kadang mereka juga digunakan untuk menentukan obat mana yang paling baik diresepkan untuk individu tertentu, karena gen menentukan bagaimana tubuh kita menangani zat kimia yang terkait dengan obat tersebut.

Manakah langkah pertama dalam menggunakan microarray DNA?

Langkah pertama dalam menggunakan microarray adalah mengumpulkan sampel jaringan sehat dan kanker dari pasien. Dengan cara ini, dokter dapat melihat gen apa yang dihidupkan dan dimatikan dalam sel sehat dibandingkan dengan sel kanker. Setelah sampel jaringan diperoleh, messenger RNA (mRNA) diisolasi dari sampel.

Apa keterbatasan teknologi microarray DNA?

Keterbatasan microarray tingkat latar belakang yang tinggi karena hibridisasi silang. rentang deteksi dinamis terbatas karena sinyal latar belakang dan saturasi.

Lingkup aplikasi microarray saat ini meliputi sequencing dengan hibridisasi, resequencing, deteksi mutasi, penilaian nomor salinan gen, hibridisasi genom komparatif, penemuan obat, analisis ekspresi, dan immunoassay (protein microarrays).

Apa prinsip mikroarray?

Prinsip di balik microarrays adalah bahwa urutan komplementer akan mengikat satu sama lain. Molekul DNA yang tidak diketahui dipotong menjadi fragmen oleh endonuklease restriksi; penanda fluoresen melekat pada fragmen DNA ini. Ini kemudian dibiarkan bereaksi dengan probe chip DNA.

Apa keuntungan dari microarray?

Microarray menjadi penting karena lebih mudah digunakan, tidak memerlukan pengurutan DNA skala besar dan memungkinkan kuantifikasi paralel ribuan gen dari banyak sampel.

Apa yang dimaksud dengan mikroarray?

Dengarkan pengucapannya. (MY-kroh-uh-RAY) Alat laboratorium yang digunakan untuk menganalisis sejumlah besar gen atau protein sekaligus. Dalam microarray, molekul biologis seperti DNA, RNA, atau protein ditempatkan dalam pola ke permukaan seperti slide kaca.

Apa yang dapat diajarkan oleh microarray DNA kepada kita tentang onkogen dan gen supresor tumor?

Apa yang dapat diajarkan oleh microarray DNA kepada kita tentang onkogen dan gen supresor tumor? Ini dapat mengajarkan kita bahwa onkogen lebih mungkin hadir ketika ada peningkatan ekspresi gen dan ada lebih banyak gen penekan tumor ketika ada penurunan ekspresi gen. Gen tidak diekspresikan di kedua sel.

Apa saja masalah potensial dengan analisis microarray?

Kerugian yang paling signifikan dari microarray termasuk biaya tinggi dari percobaan tunggal, sejumlah besar desain probe berdasarkan urutan spesifisitas rendah, serta kurangnya kontrol atas kumpulan transkrip yang dianalisis karena sebagian besar platform microarray yang umum digunakan. hanya menggunakan satu set…

Apa langkah-langkah utama dalam mempersiapkan percobaan microarray?

Ada tiga langkah utama yang terlibat dalam eksperimen tipikal yang melibatkan microarray: persiapan microarray; persiapan probe cDNA berlabel fluoresensi dan hibridisasi; dan terakhir pemindaian, analisis gambar dan data. Microarray tersedia dalam dua bentuk yang berbeda: array oligonukleotida dan.

Apa keterbatasan teknologi microarray DNA?

Apa keterbatasan teknologi microarray DNA yang ada? Ia tidak dapat membedakan gen mana yang “menjadi buruk”, yang tidak dapat menyembuhkan penyakit, dan tidak dapat mengidentifikasi setiap gen yang berperilaku buruk.

Kesimpulan apa yang dapat Anda buat dari data microarray?

Analisis data microarray dapat menentukan gen mana yang telah dinaikkan, telah ditolak, atau tidak terpengaruh (ada di kedua sel). Itu juga dapat menentukan apakah orang tersebut mengekspresikan sifat tersebut atau tidak.

Mengapa perlu membuat salinan cDNA?

Mengapa perlu membuat salinan cDNA? Label fluoresen (penanda) dalam molekul cDNA memungkinkan kita untuk memvisualisasikan cDNA nanti. mRNA tidak digunakan karena kurang stabil dibandingkan DNA.

Apa yang mewakili setiap titik pada microarray untuk ?

Setiap tempat berisi banyak salinan dari urutan DNA unik yang sesuai dengan satu gen.

Mengapa sampel jaringan dari sel sehat dan sel kanker diambil dari pasien yang sama?

Mengapa sampel jaringan dari sel sehat dan sel kanker diambil dari pasien yang sama? Sampel jaringan dari sel sehat dan sel kanker diambil dari pasien yang sama untuk melihat perbedaan ekspresi gen. Anda baru saja mempelajari 24 istilah!

Apakah gen tersebut tampaknya mengalami peningkatan regulasi ekspresi dalam sel kanker?

Bintik merah menunjukkan gen yang menghasilkan lebih banyak mRNA dalam sel kanker daripada di sel sehat. Gen-gen ini “muncul” atau “diregulasi” pada kanker.

Apakah p53 mencegah pembentukan sel kanker?

Dengan menghentikan pembelahan sel dengan DNA yang bermutasi atau rusak, p53 membantu mencegah perkembangan tumor. Karena p53 sangat penting untuk mengatur perbaikan DNA dan pembelahan sel, p53 dijuluki sebagai “penjaga genom.”

Bagaimana p53 mencegah perkembangan kanker?

P53 mencegah sel kanker terbentuk dengan menghentikan sel dengan DNA yang rusak atau bermutasi dengan menyebabkan mereka mengalami apoptosis karena merupakan penekan tumor.

Apa fungsi utama gen p53?

Gen yang membuat protein yang ditemukan di dalam inti sel dan memainkan peran kunci dalam mengendalikan pembelahan sel dan kematian sel. Mutasi (perubahan) pada gen p53 dapat menyebabkan sel kanker tumbuh dan menyebar di dalam tubuh.

Apa fungsi normal p53 dan mengapa mutasi p53 dapat menyebabkan kanker kulit sebagai respons terhadap paparan sinar UV?

-iradiasi UV dari matahari menyebabkan mutasi pada DNA (menghasilkan dimer T dan menghambat replikasi normal); sebagai respons terhadap kerusakan DNA, kadar p53 meningkat. p53 akan menyebabkan siklus sel terhenti atau jika terlalu banyak kerusakan (dalam kasus ini), memicu apoptosis (kematian sel terprogram); sel kulit mati = kulit mengelupas.

Manakah dari berikut ini yang dapat menyebabkan aktivasi p53?

Kerusakan DNA dan sinyal stres lainnya dapat memicu peningkatan protein p53, yang memiliki tiga fungsi utama: penghentian pertumbuhan, perbaikan DNA, dan apoptosis (kematian sel). Penghentian pertumbuhan menghentikan perkembangan siklus sel, mencegah replikasi DNA yang rusak.

Apa dua peran Mdm2?

Mdm2 adalah regulator negatif penting dari penekan tumor p53. Protein Mdm2 berfungsi baik sebagai ligase ubiquitin E3 yang mengenali domain trans-aktivasi N-terminal (TAD) dari penekan tumor p53 dan sebagai penghambat aktivasi transkripsi p53.

Apa peran p53 jika ada kerusakan DNA?

p53 adalah protein penekan tumor yang mengatur siklus sel dan dengan demikian berfungsi sebagai penekan tumor yang terlibat dalam mencegah kanker. Kerusakan DNA dan sinyal stres lainnya dapat memicu peningkatan protein p53, yang memiliki tiga fungsi utama: penghentian pertumbuhan, perbaikan DNA, dan apoptosis (kematian sel).

Apa yang terjadi ketika p53 adalah bermutasi?

Ketika sel terkena karsinogen tingkat tinggi – wt p53 diinduksi. Tidak ada pertumbuhan yang terjadi pada sel normal, di mana sel mutan p53 menahan penghentian pertumbuhan. sel mutan p53 menjadi sel predominan pada tumor. Stres onkogenik menginduksi p53, menghasilkan penghentian pertumbuhan atau apoptosis pada sel normal.

Baca juga